Ancienne bastide du xie siècle.
Saint-Julien s'est bâtie au bord d'un méandre de la Garonne, près du pont et de l'ancien château, aujourd'hui en ruines, qui surveillait, jadis, le passage sur le fleuve.
Sous l'Ancien Régime, ce château était, en Guyenne, le siège d'une châtellenie des comtes de Comminges. Au xive siècle, la châtellenie s'étendait aux seigneuries de Saint-Élix, Saint-Cizi, Gensac, Tersac, Saint-Christaud, Le Plan, Montberaud, Lafitte-Vigordane, Goutevernisse, Laloubère, Gouzens, et Lahitère.
Elle faisait partie de la généralité d'Auch en Guyenne, contrairement à Carbonne, Salles, Rieux, Lavelanet et Cazères qui étaient rattachées à la généralité de Toulouse rattachée au Languedoc.
Les traces humaines sur la commune remontent à la préhistoire, on a pu repérer des traces d'un habitat gaulois.
Ce sont ces dernières et la volonté de passionnés qui ont permis la création du « village gaulois ». Ce village à vocations touristique, pédagogique et scientifique devrait permettre un développement de la commune axé sur le tourisme, entraînant parallèlement la création de commerces dont profitera la population.
À partir du Moyen Âge, jusqu'à sa disparition en 1790, pendant la Révolution française, Saint-Julien faisait partie du diocèse de Rieux
Le 9 juin 1862 la Compagnie des chemins de fer du Midi et du Canal latéral à la Garonne met en service la station de Saint-Julien lorsqu'elle ouvre à l'exploitation la première section de sa ligne de Toulouse à Bayonne 2 (cette gare est fermée au xxe siècle, l'ancien bâtiment est devenu une habitation privée3).
Saint-Julien-sur-Garonne portait précédemment, jusqu'au 12 septembre 2005, le nom de Saint-Julien. La nouvelle dénomination a été officialisée par le décret n° 2005-1155 du 12 septembre 2005 portant changement de nom de communes (NOR : INTA0500236D) publié au Journal officiel n° 215 du 15 septembre 2005, page 14945.
Les monographies communales ont été rédigées entre 1885 et 1886 par les directeurs des écoles primaires du département, sous l'impulsion du Conseil départemental de l'instruction publique. La collection rassemblée a été remise dès cette date aux Archives départementales.
Sur les 589 communes actuelles du département, 530 disposent d'une monographie. Quelques unes en ont deux ou trois.
Tableaux de la physionomie des communes à la fin du XIXe siècle, les monographies des instituteurs nous renseignent sur la situation géographique, la population, l'histoire, la vie économique et bien sûr l'enseignement
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